Las discusiones del protagonista de El árbol de la ciencia (1911), Andrés Hurtado, y su tío Iturrioz, constituyen la parte central de la novela. A través de ambos personajes, Pío Baroja enfrenta las dos corrientes filosóficas más pujantes a finales del s. XIX: el positivismo y el vitalismo. Ambas son respuestas al pesimismo intelectual que se había extendido por Europa tras las críticas de Kant y Schopenhauer a las dos principales Ideas de la Razón: Dios y la libertad.

En la Crítica de la Razón Pura (1781), Kant había negado la posibilidad de conocer las Ideas de la Razón (Mundo, Alma y Dios) de modo que los mitos religiosos heredados de las culturas griega y judeocristiana quedaban cuestionados para siempre. Tras la primera Crítica ya no era posible hablar de volver a confiar ciegamente en las ideas religiosas que sostenían nuestra civilización. La Crítica de la Razón Pura, introdujo incluso serias dudas respecto a la existencia del mundo externo.  Así que Kant, en un gesto de debilidad según Nietzsche, recuperó los objetos de la Metafísica en la Crítica de la Razón Práctica (1788). La libertad, la inmortalidad y Dios se convirtieron en postulados, es decir, ideas que es necesario poder pensar si no queremos caer en una existencia vacía, contradictoria, sin sentido.

Schopenhauer no hizo más que llevar al extremo la tarea destructiva que Kant había iniciado en la Crítica de la Razón Pura. En El Mundo como Voluntad y Representación (1819) Schopenhauer describe la verdad del mundo si uno renuncia a los postulados kantianos. En tanto fenómeno o representación, el mundo es puro determinismo sometido a las rígidas leyes de la naturaleza, en tanto noúmeno o cosa en sí, voluntad ciega, irracional y amoral. En las reuniones en la azotea de su tío, Andrés se hace eco del nihilismo del autor de Parerga y Paralipómena (1851) al afirmar que «la vida es estúpida, sin emociones, sin accidentes… el mundo es ciego; ya no puede haber ni libertad ni justicia, sino fuerzas que obran por un principio de causalidad en los dominios del espacio y del tiempo… la vida cruel, canalla, infame, la vida sin finalidad, sin objeto, sin principios y sin moral…». La única solución ética posible según Schopenhauer es matar la voluntad en cada individuo, lo cual puede hacerse mediante la contemplación estética o la verdad científica.

Ante este panorama se abren dos posibilidades a finales del s. XIX:

• Andrés representa el positivismo, la confianza en que el progreso de la ciencia terminará resolviendo también los problemas más profundos de la vida humana. La unión de razón y experiencia son armas suficientes para resolver el problema del mundo externo y alcanzar la verdad. Con el tiempo, la ciencia no sólo nos revelará las leyes matemáticas de la naturaleza sino también cuál puede ser el mejor orden social posible. Sin embargo, el problema insoluble del positivismo, presente en toda la obra de Pío Baroja y heredado directamente de Schopenhauer, es la contradiccion entre ciencia y vida. El conocimiento y las ideas son puro reflejo del mundo y antítesis de la vida y, por tanto, de la acción. La ciencia no servirá nunca para dar sentido a la vida del hombre u organizar un sistema político perfecto. La ciencia mata la vida. El raciovitalismo de Ortega y Gasset sería también una respuesta a esta dicotomía.
• Iturrioz, su tío, opta por el vitalismo en su vertiente nietzscheana: la abolición de los valores judeocristianos traerán consigo un nuevo tipo de hombre que frente al sinsentido de la vida no caiga en la desesperación sino, al contrario, se arme de valor, serenidad, y reposo, que arranque de sí «toda tendencia a la humildad, a la renunciación, a la tristeza, al engaño, a la rapacidad, al sentimentalismo…» Este nuevo hombre guarda cierto parecido con el superhombre de Nietzsche, especialmente en su crítica al nihilismo cristiano. Los cambios en España pasaban, según Baroja, por dejar atrás el cristianismo, la mediocridad y el caciquismo. En este sentido, las críticas de Nietzsche a la religión cristiana y sus teorías del superhombre le servirán a Baroja de inspiración en la tarea regeneracionista del 98.

El final trágico de la novela representa, evidentemente, el triunfo de Schopenhauer, del veneno nihilista que marca la personalidad de Andrés Hurtado y también de España, el tema de fondo en los autores de la generación del 98. Desde un punto de vista individual, Andrés Hurtado, idealista hasta la médula, ve en la muerte algo de consuelo: espacio y tiempo no están afuera, por tanto, el mundo no continuará tras su muerte. La muerte del individuo es también la muerte del Universo.

Así lo resume Gonzalo Sobejano en su libro clásico sobre la influencia de Nietzsche en España.

Si César Moneada es, pues, el más animoso hombre de acción del repertorio barojiano, Andrés Hurtado, protagonista de El árbol de la ciencia (1911), es su más exacto reverso: el hombre contemplativo por excelencia, el abúlico, el nihilista sin remedio. César es un personaje nietzscheano. Andrés, un complejo precipitado del materialismo y de la filosofía de Schopenhauer. En esta novela que, con la anterior, marca la cima del Baroja novelista, el conflicto entre la vida y el conocimiento, la acción y la contemplación, se plantea en su más áspera desnudez y aboca al desenlace más trágico: el suicidio. Educado en el materialismo médico y marcado para siempre por el criticismo kantiano, la moral cristiana y la seducción del neobudismo de Schopenhauer, Hurtado no acierta a corregir su elemental desgana de hacer y vivir. Frente a él, su tío Iturrioz sostiene principios de raíz nietzscheana: la lucha, la acción en un círculo siquiera reducido, la utilidad y engrandecimiento de la vida como norma ante lo aún no explicado por la ciencia e incluso a riesgo de injusticia o mentira, etc. El ideal ignaciano laico sustentado por César Moneada lo sustenta aquí discursivamente Iturrioz, en diálogo con Andrés Hurtado:
«Para llegar a dar a los hombres una regla común, una disciplina, una organización, se necesita una fe, una ilusión, algo que, aunque sea mentira salida de nosotros mismos, parezca una verdad llegada de fuera. Si yo me sintiera con energía, ¿sabes lo que haría?
—¿Qué?
—Una milicia como la que inventó Loyola, con un carácter puramente humano. La Compañía del Hombre.
—Esta Compañía tendría la misión de enseñar el valor, la serenidad, el reposo; de arrancar toda tendencia a la humildad, a la renunciación, a la tristeza, al engaño, a la rapacidad, al sentimentalismo…
—La escuela de los hidalgos.
—Eso es, la escuela de los hidalgos.
—De los hidalgos ibéricos, naturalmente. Nada de semitismo.
—Nada; un hidalgo limpio de semitismo, es decir, de espíritu cristiano, me parecería un tipo completo» (II, 519).
La norma del individualismo extrarreligioso, de la milicia puramente humana, la compañía del hombre o escuela de los hidalgos sin cristianismo, no es sino una derivación de la moral aristocrática de Nietzsche cimentada en el valor y la distinción. Se dibuja así el hidalgo laico al modo de una pálida sombra del superhombre. Pero entre este ensueño y la realidad occidental, cristiana y civilizada, media una distancia imprevisiblemente larga… Andrés Hurtado sucumbe al tóxico cristiano-europeo más que a sus deficiencias de temperamento o a la «aconitina» con que se quita la vida:
«—La religión y la moral vieja gravitan todavía sobre uno —se decía—; no puede uno echar fuera completamente el hombre supersticioso que lleva en la sangre la idea del pecado.» (II, 568).

Gonzalo Sobejano: Nietzsche en España, 1890-1970, Madrid: Gredos, 2004, pp. 377-378.

Sobre ese antisemitismo de Baroja, heredado de Nietzsche, y que le relaciona con lo peor del s. XX, da una interesante explicación Max Aub en La gallina ciega, diario español. Para Baroja el comunismo, invento de Karl Marx, un judío, era epítome de la mediocridad. Frente al comunismo, y su pariente cercano el cristianismo pues están unidos por el dogma «todos somos iguales», Baroja, inspirado por Nietzsche, ensalzaba al individuo y la genialidad. Ese anticomunismo terminó por convertirse en antisemitismo.

-Con Baroja sucede una cosa curiosa. Ahora pasa por revolucionario. Fue anarquista en su juventud, no tanto como Azorín, pero lo fue; pero ya en su madurez fue muy anticomunista, antisemita por anticomunista, con lo que se demuestra que no fue lince, él, que se parecía físicamente a Lenin. Es curioso ese antisemitismo de Baroja porque, por lo menos por parte de madre, por su rama italiana, parece que debió de tener antecedentes… Los falangistas intentaron apropiárselo, pero él les hizo los mismos feos que a los republicanos que —ésos sí— eran amigos suyos. Se portó muy mal con ellos. Como con la mayoría de la gente. Era un hombre malhumorado y genial. Un onanista de pro, como no hay muchos en la literatura española. A base de pesimismo acertó en bastantes pronósticos -y se equivocó en muchos otros-. Hubo un momento, antes de la guerra, en que, tal vez como consecuencia de su germanofilia del año 14, fue partidario de Hitler (no de Mussolini). Luego, no.

Max Aub: La gallina ciega. Diario español. Madrid: Visor, 2009, pp. 293-294.

Gracias al compañero J. M. Camacho por la recomendación del espléndido libro de Sobejano.